Malatyaspor isimli bir kulüp ortaya çıktıktan sonra futbol takımının profesyonelliğinin tescili ile ilgili işlemler yürütülürken halen amatör olan futbol takımı da mahalli amatör lige katılmıştır.Mahalli ligin ikinci yarısı başlamamıştı ki Malatyaspor futbol takımının profesyonelliğinin tescil edildiği haberi alındı.Ve takım mahalli ligden çekilerek yeni sezon mücadele edeceği Türkiye ikinci ligine alındı.Malatyaspor klübünün profesyonel olarak Türkiye ikinci ligine direk katılması zamanın Futbol federasyonu başkanı Sayın Orhan Şeref Apak'ın gayretleri ve çabaları neticesinde olmuştur.Malatyaspor Klübü profesyonel olarak ilk genel kurulunu yapmış ve başkanlığa o zamanın Malatya belediye başkanı olan Merhum Turgut Temelli getirilmiştir.Malatyaspor Klübü profesyonel takımının ilk teknik direktörü Uğur Ersoy'dur.Malatyaspor Klübü kurulduğu ilk yıl olan 1966-1967 sezonunda Türkiye 2.ligi'nde mücadeleye başlamış,profesyonel ligde ilk sezonunda kötü bir dönem geçirerek 3.lig'e düşmüştür.Altı yıl gibi bir süre 3.lig'de oynadıktan sonra 1972-1973 sezonunda başarılı geçen bir yılın ardından Türkiye 2.ligi'ne terfi etmiştir.1980-1981 sezonunda kullanılmakta olan sarı-siyah forma rengi '' Sarı-Kırmızı''olarak değiştirilmiştir.1983-1984 sezonunda Türkiyede bir ilki gerçekleştirerek namağlup olarak 1.Türkiye Ligin'de altı yıl mücadele etmiştir.Bu Ligde en önemli başarısını 1987-1988 sezonunda üçüncü olarak elde etmiştir.1989-1990 sezonunda ligi 44 puanla 14.sırada bitirerek küme düşen sarı-kırmızılılar 11 yıl 2.Türkiye Ligi'nde mücadele etmiş ve nihayet 2001-2002 sezonunda klasman birincisi olarak katıldığı ekstra play-offmüsabakalrı sonunda Süper lig vizesi almıştır.2001-02 sezonunda büyük zorluk yaşayan Malatyaspor ilk yarıyı son sırada tamamlamasına rağmen ikinci yarıda gösterdiği muhteşem performansla ligde kaldı.Sarı-Kırmızılılar 2002-2003 sezonunda ligi beşinci sırada tamamlayarak ülkemizi UEFA Kupası'nda temsil etme hakkını kazandı.Kupanın ilk turunda eşleştiği İsviçre'nin Basel takımına Malatya'da 2-0 yenilen Malatyaspor, deplasmandaki maçın normal süresini 2-0 galip kapatarak karşılaşmayı uzatmaya götürdü.Uzatmada gelen gümüş gol temsilcimizin elenmesine neden oldu.Malatyaspor,Türkiye Kupası'nda Galatasarayı deplasmanda 2-1 yenip yarı finale çıktı.Yarı finalde sahasında Trabzonspor'a 3-0 yenilerek elendi.

Yönetim, Tesisler, Sponsorlar